Les technologies innovantes de MGI permettent le séquençage des premières espèces végétales dans le projet africain BioGenome

LE CAP, Afrique du Sud, 15 septembre 2023 /PRNewswire/ — MGI, une entreprise engagée dans la création d’outils et de technologies de base pour guider les sciences de la vie, se réjouit de soutenir le projet africain BioGenome (AfricaBP), lancé en 2021, en permettant le séquençage des premières espèces végétales du projet. Le séquençage a été réalisé à l’aide du séquenceur de table polyvalent de MEGI, le DNBSEQ-G400*, et de la technologie de lecture de fragments longs à tube unique (stLFR).

Affilié au Earth BioGenome Project et partenaire du projet 10,000 Plants Genomes Project (10KP), AfricaBP est un effort coordonné visant à mettre en place des capacités et des infrastructures de génération, d’analyse et de déploiement de données génomiques, dans le but d’appuyer l’amélioration et l’utilisation durable de la biodiversité et de l’agriculture dans toute l’Afrique. Impliquant actuellement un total de 109 scientifiques africains (dont 87 travaillant en Afrique) et 22 organisations africaines, il vise à séquencer les génomes de 105 000 espèces endémiques, allant des plantes aux animaux, en passant par les champignons, les protistes et d’autres eucaryotes.

« Nous sommes fiers de voir que les technologies de base de MGI ont aidé l’équipe du Conseil sud-africain de la recherche médicale (SAMRC) à séquencer la toute première espèce végétale du projet AfricaBP, a déclaré le Dr Yong Hou, directeur général de MGI en Europe et en Africa. C’était la première fois que notre technologie unique et efficace stLFR était déployée en Afrique, et nous sommes impatients de faire progresser la génomique sur le continent grâce à nos produits et offres de bout en bout. »

« La génomique végétale est un domaine scientifique qui ne cesse de gagner en importance et qui s’est élargi au cours des dernières années grâce au développement de technologies et de méthodes plus sophistiquées. Elle joue en outre un rôle crucial dans la biodiversité végétale, a expliqué le professeur Craig Kinnear, directeur de la plateforme génomique du SAMRC. Grâce aux outils innovants de MGI et au soutien du Conseil sud-africain de la recherche médicale, nous faisons un pas de plus vers l’établissement d’une réserve de génomes végétaux et animaux de référence construite en Afrique, pour l’Afrique. »

Dans le cadre d’AfricaBP, les technologies de séquençage de pointe de MGI permettent aux chercheurs africains et aux décideurs politiques de la génomique, de la bioinformatique, de la biodiversité et de l’agriculture de produire des génomes de référence de haute qualité pour un éventail d’espèces endémiques à l’Afrique. Cette entreprise aidera les sélectionneurs de plantes et éleveurs d’animaux à produire des systèmes alimentaires plus résilients et plus durables. En outre, elle améliorera la santé publique, renforcera l’agriculture et orientera la conservation de la biodiversité sur tout le continent.

Récemment, AfricaBP a annoncé le lancement réussi de l’Open Institute in Nature Biotechnology, une plateforme pionnière d’échange de connaissances en génomique et en bioinformatique. Le cadre de l’Open Institute établit des ateliers ouverts à tous à travers l’Afrique, élaborés en étroite collaboration avec les institutions africaines locales dans le but principal de développer des programmes de génomique et de bioinformatique de la biodiversité, d’une part, et de favoriser un échange de connaissances à l’échelle locale qui s’articule autour des exigences des scientifiques africains, d’autre part. Du 21 au 25 août, MGI a eu l’honneur de compter parmi les principaux commanditaires de l’atelier AfricaBP Southern Africa Open Institute Workshop for Genomics and Bioinformatics 2023, et d’animer un atelier sur deux de ses technologies innovantes : stLFR et DNBSeq. Celles-ci produisent des génomes de référence de qualité pour la plateforme de biotechnologie du Conseil de recherche agricole à Pretoria, en Afrique du Sud. Du 9 au 10 octobre, MGI participera à l’atelier nord-africain de l’AfricaBP Open Institute au Maroc.

« Un des principaux avantages de l’AfricaBP Open Institute for Genomics and Bioinformatics est qu’il arrive à point nommé, à un moment où l’accord sur la zone de libre-échange continentale africaine (ZLECAf) est déjà entré en vigueur. En plus d’apporter un argument économique, l’existence d’une telle plateforme d’échange de connaissances donne aux organisations, agences scientifiques nationales africaines et partenaires locaux et internationaux une raison de soutenir cet effort qui maintient l’Afrique sur la bonne voie pour se doter d’une infrastructure génomique et bioinformatique fédérée, laquelle contribuera à la bioéconomie africaine », a déclaré le Dr ThankGod Echezona Ebenezer, fondateur et coprésident du projet africain BioGenome, et bioinformaticien de la faculté de médecine clinique de l’Université de Cambridge, au Royaume-Uni.

La technologie innovante stLFR de MGI s’appuie sur une technologie brevetée de co-codage à barre d’ADN pour fournir des lectures longues synthétiques ou liées sur ses plateformes propriétaires DNBSEQ™. Le kit de préparation de la bibliothèque stLFR, qui a été lancé en 2023 lors de la réunion Advances in Genome Biology and Technology, contourne les limites liées aux lectures courtes tout en facilitant l’appel de variantes structurelles petites et grandes de haute qualité, le phasage de l’haplotype de plus de 99 % du génome humain, l’assemblage de novo et d’autres applications sur de longs fragments. Combiné avec le séquençage à haut débit sans PCR, il établit une nouvelle norme en matière de recherche et de scénarios cliniques en permettant des génomes phasés par haplotypes plus complets et plus précis à un prix abordable. À ce jour, plus de 50 articles de haute qualité fondés sur la technologie stLFR ont été publiés, notamment dans Nucleic Acids Research, Nature Ecology & Evolution, Genome Research et d’autres revues de premier plan.

À l’occasion des symposiums de l’atelier AfricaBP Southern Africa Open Institute Workshop, deux présentations ont été données sur les technologies de MGI : « Technologie de lecture de fragments longs à tube unique (stLFR) de MGI », présentée par le Dr Mmatshepho Phasha-Muchemenye lors de la séance sur les technologies génomiques, et « Aperçu de l’exercice pratique du séquençage génomique avec la technologie DNBSEQ-G400* de MGI », présentée par Raksha Toolsi lors des séances d’introduction aux exercices pratiques.

Le partenariat à long terme entre MGI et le SAMRC remonte à 2019, l’année à laquelle le conseil a créé le Centre africain de génomique au Cap, le premier centre de séquençage du génome à haut débit en Afrique, avec l’aide et le soutien de MGI. Pendant la pandémie, les technologies ATOPlex de MGI, DNBSEQ-G50 et MGISP-100, ont aidé les chercheurs du SAMRC à dépister et à gérer les points chauds de la propagation de la COVID-19 et les variants circulants dans les échantillons d’eaux usées. Ces efforts ont permis de détecter pour la première fois la présence du variant Omicron dans le système d’assainissement du Cap.

*Usage réservé à la recherche. Ne pas utiliser dans les procédures de diagnostic (sauf indication contraire).

À propos de MGI

MGI Tech Co. Ltd. (ou ses filiales, collectivement dénommées MGI), dont le siège social est situé à Shenzhen, s’engage à créer des outils et des technologies essentiels pour faire avancer les sciences de la vie grâce à une innovation intelligente. Sur la base de sa technologie propriétaire, MGI se concentre sur la recherche et le développement, la production et la vente d’instruments de séquençage, de réactifs et de produits connexes pour soutenir la recherche en sciences de la vie, l’agriculture, la médecine de précision et les soins de santé. MGI est l’un des principaux producteurs de séquenceurs de gènes cliniques à haut débit**, et ses plateformes multi-omiques incluent le séquençage génétique**, l’imagerie médicale et l’automatisation des laboratoires. La mission de MGI est de développer et de promouvoir des outils avancés en sciences de la vie pour les soins de santé de demain. Pour plus d’informations, veuillez consulter le site Web de MGI ou contactez-nous sur Twitter, LinkedIn ou YouTube.